Первое русское поселение упрочилось примерно в 1786 году по образцу сибирских острогов — с крепостью, с пушками, с гарнизоном. Русское население в основном жило в этих укрепленных пунктах, в фортах; оно занималось охотой, добычей пушнины и торговлей с местными племенами. В 1799 году Компания получила полную монополию на добычу пушнины на Алеутских островах и Аляске. В это время Компания по существу становится неконтролируемым хозяином этих районов, потому что чиновники, которые шли за купцами, находились в полной от нее зависимости: все корабли, всё принадлежало Компании. Вскоре Шелихов умер, Компанию возглавили его соратники — сначала Евстрат Дидаров, а затем Александр Баранов, который фактически возглавлял Компанию с 1799 года и в течение 29 лет был неограниченным властелином этих краев.
Баранов сделал очень много. При нем были основаны первые поселения — города Ситха и другие, освоены первые шахты добычи угля, создан флот, русские поселения начали распространяться на юг и дошли до Калифорнии, где уперлись в поселения испанцев. В Калифорнии в 1814 году был построен форт Росс, который после нескольких пожаров сохранился до наших дней.
Святой мученик Петр Алеут
Мало кто знает, что с фортом Росс связана не только история освоения южной части западного побережья Северной Америки, но и трагическая история, даровавшая Церкви ее верного святого — мученика Петра Алеута. Дело в том, что продвижение русских колонизаторов на юг Америки очень встревожило владевших тогда Калифорнией испанцев. Они испугались, что Россия намерена завоевать их колонию, и с подозрением относились к форту Росс и всему, что там происходило.
В 1815 году к берегам Калифорнии подошлп группа алеутов на корабле. Испанцы напали на корабль и взяли всех алеутов в плен. Среди них был молодой отрок Петр Алеут. Над захваченными состоялся судебный процесс, и однажды рано утром двух юношей алеутов вывели и попытались убедить отречься от православной веры. Когда они стали отказываться это сделать, то одному юноше, Петру, стали отрезать пальцы и другие части тела, пока он не умер. Он до конца исповедовал православную веру. До того, как успели казнить второго юношу, пришел указ остановиться. В 1980 году святой мученик отрок Петр Алеут был прославлен как местночтимый святой Аляскинской епархии.
Первая Американская миссия. Святые Ювеналий и Герман Аляскинские
Когда Григорий Шелихов от имени Компании в 1793 году обратился в Синод, на Аляске еще не было ни одного православного священника, но сотни людей были крещены. В частности, это было связано с тем, что поселенцы брали жен из местных алеутов или эскимосов и крестили их так же, как и своих детей.Священный Синод (при обер-прокуроре Мусине-Пушкине) под председательством митрополита Петербуржского Гавриила вынес решение о создании миссии по указанию императрицы Екатерины II, и началась работа. Уже в сентябре 1793 года для Американской миссии были подобраны первые монахи из Валаамского монастыря. Священный Синод рекомендовал в качестве начальника миссии иеромонаха Иосафа Болотова (1757—1799), который единственный имел богословское академическое образование, и возвел его в сан архимандрита. В составе миссии был иеромонах Макарий (Александров), Ювеналий (Говорухин), иеродиакон Нектарий (Панов), Афанасий (Михайлов), монах Герман.
Миссия направилась через Москву на восток, ее вез лично Григорий Шелихов. В Москве присоединились брат архимандрита Иосафа, иеромонах Ювеналий, постриженный с именем Стефан, и послушник Иосаф. Они прибыли в Иркутск, затем по Лене добрались до Якутска, на лошадях — до Охотска; Шелихов посадил их на корабль и отправил на Кадьяк. Прибыли они туда 24 сентября 1794 года. Этот день считается началом православной жизни на американской земле.
В это время на Кадьяке жило примерно 220 русских и около 8 тыс. алеутов. Строилась пристань, в порту и форте были деревянные укрепления. Началась церковная жизнь — строительство первого храма и работа с алеутами и с индейцами. С последними было трудно. Гордые воинственные индейские племена находились во враждебных или даже воинственных отношениях с русскими. С алеутами было проще. Иеромонахи начали ездить от острова к острову и проповедовать и крестить уже в значительной мере подготовленных к крещению алеутов.
После смерти Шелихова Компания перестала поддерживать миссию, она была оставлена без поддержки. При Баранове начались жалобы местного населения на притеснения. К чести первых монахов и первых священников, на эти притеснения они отвечали защитой местных жителей перед Компанией. Они не побоялисьвсесильных руководителей Компании и начали обращаться в Иркутскую епархию, в Петербург (в Священный Синод и к Императору), когда видели, что обращение в Компанию не дало результата. В 1802 году из Александро-Невской Лавры был направлен ревизор иеромонах Гедеон. Он добрался на Алеуты в 1804 году и провел там три года, пытаясь помочь бедственному состоянию миссии. Отчасти из-за этих причин в 1797 году в Россию уехал глава миссии Архимандрит Иосаф.