За 14 лет пребывания в Алтайской миссии архимандрит Макарий перевел на телеутский язык Четвероевангелие, Деяния, Послания, Псалтирь и избранные места из Ветхого Завета, «Краткий катехизис» митрополита Филарета и его «Краткую священную историю», Символ веры, молитвы, чин и вопросы к исповеди, некоторые другие части богослужения. Составлен словарь на 3 тысячи слов. До 1860 года это были по существу единственные средства письменного общения с алтайскими народностями.
И вот — первые результаты. Преобразилось село Майме, укреплен миссионерский стан в селении Улала, начинается миссионерская работа в двух других селах. В Майме строится храм, весь народ здесь поет, некоторые песнопения — на телеутском языке. После службы трапеза, беседа. В 1838 году открыты больница, богадельня. В 1836 году у о. Макария появляется помощник — Стефан Ландышев.
Открывается школа-приют для алтайских девочек и школа для мальчиков. Образование там минимальное: грамота, рукоделие, пение, рисование. Такая же школа возникает и в другом стане, в 130 километрах на юг.
В 1838 году он пишет программу реорганизации миссионерского дела в России «Мысли о способах к успешнейшему распространению христианства между евреями, язычниками, магометанами в Российской империи». Один из главных пунктов этой программы — перевод на русский язык всего Св. Писания и распространение его в русском народе, потому что только духовное возрождение русского народа могло привести к возрождению миссионерского дела. Свое произведение он направляет в Священный Синод и одновременно — государю императору Николаю I. Сохранились эти два его письма — в Священный Синод и императору Николаю I. Оба достаточно горячие и определенные, второе даже резкое.
Постепенно у него развивается чахотка, отнимаются ноги, слабеет зрение. В 1843 году он уже почти не может ходить и посылает прошение об увольнении на покой. В 1844 году он уволен с назначением настоятелем Болховского монастыря Орловской губернии. Уже совершенно больной, он налаживает богослужение в монастыре, ведет после каждого богослужения беседы, собирает отдельно детей и взрослых и учит их — начинает духовное просвещение Болховского.
Он организует для детей монастырскую школу, где учит их самому простому и необходимому, как и детей в Майме и других алтайских селах. До последних дней к нему идет народ, он ежедневно причащается. Он скончался 18 мая 1847 года на 55-м году жизни со словами: «Свет Христов просвещает всех».
«Мысли о способах успешного распространения христианства между евреями, язычниками и магометанами в Российской империи» были изданы в 90-х гг. прошлого века. Вот его заветы, содержащиеся в «Мыслях»:
1. Священное Писание — единое и полное откровение Божие. Вера православная — единственный путь ко спасению.
2. Задача миссионера — донести до просвещаемого народа то, что вера принесла и приносит бесчисленные благодеяния Божии на землю, а потом эти благодеяния даются и на небе.
3. Только небо — цель жизни.
4. Дух Христов должен господствовать в христианском народе, в Церкви. Духом любви определяются наши отношения к людям иноверным и неверным.
5. Издание и изучение Священного Писания на родном народном языке (для русских — на русском, для телеутов — на телеутском) решительно необходимо.
6. Обучение в народных школах должно быть возложено на духовенство. В каждом селе священник с причтом — это воспитатель и учитель народный.
7. Все трудности духовного просвещения ничего не значат в сравнении с важнейшей и священнейшей нуждою Церкви и государства в христианском просвещении всего народа. А просвещенный народ Божий сам из себя даст людей для миссионерского просвещения малых народов. Одной из форм организации миссионерства и привлечения всего народа к делу миссионерства святитель считает создание Российского миссионерского общества. Такое общество было создано только в 1865 году, и неудачно. В 1870 году оно было воссоздано в Москве митрополитом Московским Иннокентием Вениаминовым.
8. Главная обязанность и задача народа — поддержать духовное просвещение и дать людей на дело миссионерства, создавать миссионерские образовательные учреждения, издавать книги и т.д. Он считал, что нужно готовить разного типа людей для дела духовного просвещения, что они должны готовиться в специальных школах, которые должны быть в основном при монастырях и учебных духовных заведениях.
Приведем цитату из заключительной части этого произведения: «Не предназначена ли и ты, святая Церковь Российская, быть великим собранием светлых лучей животворящего солнца правды — Христа? Как видимое солнце посылает лучи свои на землю, так Христос, солнце духовного мира, не посылает ли и тебя, дщерь света, по определенному и указанному направлению в мир, лежащий в земле, дабы свет Его просвещал через тебя темные массы многих народов, поставленных промыслом Его в соприкосновение с русским народом и влияниям твоим преданный. И чем более в русском народе умножится свет, тем более добра Христова он сообщил бы инородцам бесчисленными точками непрестанных сближений с ними в нуждах временной жизни».
После о. Макария во главе миссии встал протоиерей Стефан Ландышев. Всего из миссии вышло пять архиереев. Школы, которые были созданы о. Макарием, продолжали жить до самой революции и были образцом для многих других.
Сам о. Макарий обратил в христианство примерно 680 человек, устроил пять православных селений с двумя церквами, тремя школами и одной богадельней. Это не так много, но впоследствии его посевы выросли настолько, что к началу ХХ века из 34 тысяч инородцев на Алтае более половины уже были христианами. Было обустроено 188 православных поселений, построено 67 храмов и молитвенных домов, постоянно совершалось богослужение на алтайских наречиях, в основном на телеутском. 48 школ обучали детей на алтайских языках, в них училось 800 мальчиков и 250 девочек. В Бийске действовало катехизаторское училище, где около 200 учеников готовились стать учителями в миссионерских инородческих школах, а также готовились к священству. С 1880 года начальник Алтайской миссии становится епископом Бийским — викарием Томской епархии.
Впервые Литургия была совершена полностью на телеутском языке в 1865 году. Письменность также была дана шорской, алагатской и черноануйской народностям. Постоянно росло число священников и священнослужителей из инородцев.