Храм был заложен в честь святого праведного воина Фёдора Ушакова. Позже собор был переименован в честь святого благоверного великого князя Александра Невского и получил статус Патриаршего подворья. Был освящен 12 октября 2011 года Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Кириллом.
Храм в городе Балтийске (первоначально в честь святого праведного воина Феодора Ушакова) начал строиться в 2007 г. по благословению митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла, ныне Святейшего Патриарха Московского и всея Руси. Настоятелем храма был назначен епископ Балтийский Серафим.
На заседании Священного Синода от 31 мая 2010 года было одобрено предложение программы «Александр Невский» Фонда Андрея Первозванного и Центра национальной славы России освятить возводимые Уральской горно-металлургической компанией на границах Российской Федерации форпосты Православия – храмы во имя святого благоверного великого князя Александра Невского, и придать вышеназванным храмам статус Патриарших подворий.
В связи с этим строящийся в рамках программы «Александр Невский» в г. Балтийске храм был переименован в честь святого благоверного великого князя Александра Невского и получил статус Патриаршего подворья.